Выставочный зал Митрополичьи палаты

Для посещения музей был открыт в День города, в мае 1999 года. Именно с этого времени прерывается история существования Музея истории города Ярославля как филиала Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника, которое началось еще с 1985 года. История здания, в котором расположился музей очень разнопланова и многогранна. В советское время здесь размещался Дом матери и ребенка (1928 г.), детская больница имени 8 марта (с 1928 г. по 1947 г.), глазное и хирургическое отделение I клинической больницы (с 1947 г. по 1985 г). История самого же дома насчитывает более ста лет. Музей располагается в усадьбе потомственного почетного гражданина, купца I гильдии Василия Яковлевича Кузнецова. 

В 2013 году Музей истории города Ярославля отпраздновал свое пятнадцатилетие. Музей признан музейным сообществом области, принят в состав действительных членов Союза музеев России, участвует в различных общемузейных проектах, в том числе во Всероссийском музейном фестивале «Интермузей». Сегодня в его стенах располагаются две основные постоянно действующие экспозиции: «Десять веков истории Ярославля» и «Из истории ярославской медицины». Музей успел обзавестись и своими филиалами: Городским выставочным залом им. Н.А. Нужина, Центром белорусской культуры «Музей М. Богдановича» и Арт-галереей «Дом Муз».