Московский театр «Мастерская П. Н. Фоменко» был основан в июле 1993 года указом Мэра города Москва. Однако сами «фоменки» (как с легкой руки журналистов называют актеров театра не только в Москве, но и в Европе) ведут отсчет своей биографии с июля 1988 года. Тогда Петр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссерском факультете ГИТИСа (ныне — Российская Академия Театрального Искусства).

Выпускники мастерской Фоменко 1993 года составили костяк молодого театра, который еще дважды пополнялся учениками мастера. На сегодняшний день в труппе театра три поколения «фоменок».

В начале своей жизни театр несколько лет вел «бездомное» существование. Пока в 1997 году постановлением Правительства города Москва театру не было передано в хозяйственное ведение помещение, ранее принадлежавшее кинотеатру «Киев» по адресу: Кутузовский проспект, д. 30/32.

Однако два маленьких тесных зала, в которых работала труппа «Мастерской», не могли в полной мере соответствовать тем задачам, которые стремились воплотить на сцене режиссеры театра. Постановлением Правительства города Москва было решено построить театру новое, отвечающее всем современным техническим требованиям здание. И теперь у Театра есть еще один дом  — на набережной Тараса Шевченко.